Il 2 novembre 1983 la madre di Dean e Sam Winchester, Mary, perde la vita uccisa da un demone che incendia la loro casa. Il padre dei due bambini, John, ex-marine, riesce a trarli in salvo dalle fiamme e da quel momento insegna loro come difendersi. Insieme i tre danno la caccia ad ogni tipo di creatura sovrannaturale, con lo scopo di trovare quello che ha ucciso Mary e distruggerlo per sempre. Dean, il più grande dei due fratelli, segue alla lettera i comandi del padre e passa l'infanzia a proteggere il fratello Sam, che invece dopo il liceo decide di abbandonare la caccia e di andare all'università.
La prima stagione inizia con la scomparsa del padre e il riavvicinamento dei due fratelli: Dean decide infatti di raggiungere il fratello all'università di Stanford, a Palo Alto, per chiedergli di aiutarlo a cercarlo. Sebbene Sam sia riluttante, la morte della fidanzata Jessica, avvenuta nello stesso modo della madre, lo convince a tornare a cacciare. Per spostarsi i due fratelli usano una Chevrolet Impala del 1967, che dà alla serie alcune caratteristiche da road-movie. Tutta la prima stagione è dedicata alla ricerca di John e si conclude con il suo ritrovamento. L'ultima scena vede i fratelli Winchester vittime di un incidente d'auto causato da un demone, con Dean in fin di vita.
La seconda stagione si apre con la morte di John Winchester che, in cambio della vita di Dean, vende la propria anima ad Azazel, il demone responsabile della morte di Mary. Nonostante il lutto, i fratelli continuano la caccia, decisi a ritrovare il demone. I due scoprono che ci sono altre persone che, come Sam, sono state avvicinate dallo stesso demone a 6 mesi di vita ed hanno in comune alcuni poteri straordinari. Azazel si prepara a combattere una guerra e ha bisogno di un soldato speciale, scelto tra questi individui, che assuma il comandi di un numeroso esercito di demoni. Azazel raduna dunque i candidati in un villaggio disabitato e, dopo un susseguirsi di eventi, Sam viene pugnalato a morte da un altro dei prescelti, Jake. In seguito, un patto tra Dean ed un demone restituisce la vita a Sam. Con l'aiuto di Jake, Azazel riesce ad aprire una delle porte dell'inferno, liberando centinaia di demoni. La porta viene richiusa e Dean uccide Azazel sparandogli con una speciale pistola costruita da Samuel Colt.
Nella terza stagione, i fratelli Winchester cercano di salvare l'anima di Dean, al quale rimane solo un anno di vita. Un demone di nome Ruby offre a Sam il suo aiuto per salvare il fratello e sconfiggere Lilith, un demone antico e potente che possiede l'anima di Dean ed è spaventato dai poteri di Sam. I Winchester perdono la Colt, rubatagli da Bela Talbot, ladra di oggetti occulti e vincolata anch'ella a Lilith tramite un patto. Nonostante il supporto di Ruby, falliscono sia il salvataggio di Dean che l'uccisione di Lilith.
La quarta stagione inizia con la miracolosa fuga di Dean dall'Inferno, risvegliatosi confuso e frastornato in una tomba. È salvato da un angelo di nome Castiel per ordini di Dio, che ha bisogno del cacciatore per la battaglia che sta per iniziare. Sam ha ulteriormente sviluppato le sue capacità paranormali con l'aiuto di Ruby durante i mesi in cui Dean è deceduto. È presto rivelato che Dean è stato riportato alla vita per contribuire a fermare il piano di Lilith, che consiste nel rompere i 66 sigilli necessari per liberare Lucifero e dare inizio all'Apocalisse. I sigilli, che non sono altro che atti di violenza e omicidio, si rompono uno dietro l'altro e neanche le forze del Paradiso sembrano bastare per fermarli. Dean e Sam si allontanano sempre di più, poiché il primo ha paura delle decisioni del fratello che, dietro suggerimento di Ruby, beve sangue demoniaco per raffprzare i suoi poteri. Castiel rivela a Dean il suo destino, ovvero fermare l'avanzata di Lucifero ed impedire l'Apocalisse. L'ultimo sigillo da spezzare è il sacrificio stesso di Lilith. Sam, credendo di poter porre fine al ritorno di Lucifero con i suoi poteri, viene spinto da Ruby a uccidere il demone. Dean, rallentato dall'angelo Zaccaria, non raggiunge in tempo il fratello per salvare l'ultimo sigillo. I due Winchester non possono fare altro che assistere impotenti alla liberazione di Lucifero.
La quinta stagione inizia con il risveglio di Lucifero. Un lampo di luce si propaga all'improvviso davanti a Sam e Dean ed ha così inizio l'Apocalisse, mentre loro vengono teletrasportati altrove. Castiel è resuscitato e, nonostante abbia perso alcuni dei suoi poteri, è deciso ad aiutare i fratelli nell'imminente guerra contro il Male. Lucifero, che come tutti gli angeli ha bisogno di un corpo umano in cui vivere, trova il suo tramite in Nick, un uomo a cui è stata uccisa la famiglia e desideroso di vendetta. Successivamente rivela che il suo vero tramite è Sam. Gli angeli sperano invece nella discesa in campo dell'arcangelo Michele, colui che scacciò Lucifero dal Paradiso. Il tramite prescelto è Dean, che però non accetta tale responsabilità, che causerebbe uno scontro con Lucifero fatale per milioni di persone. Dopo quanto è successo alla fine della quarta stagione, Dean non si fida più di Sam e i due fratelli decidono di separarsi. Un viaggio nel futuro, che vede un Dean divorato dai rimorsi e un Sam che ha accettato di essere il tramite di Satana sulla Terra, spinge il primo a riconciliarsi con il fratello minore. L'arcangelo Gabriele propone ai Winchester un metodo alternativo per fermare Lucifero: catturarlo e imprigionarlo nella gabbia da cui è stato liberato. Per chiuderla sono necessarie quattro chiavi, che corrispondono ai quattro anelli dei Cavalieri dell'Apocalisse: Guerra, Carestia, Pestilenza e Morte. I Winchester riescono ad impadronirsi degli anelli dei primi tre, mentre il quarto viene offerto a Dean da Morte stesso. Sam si sacrifica offrendosi come tramite di Lucifero e, poco prima della scontro tra Satana e l'arcangelo Michele, riesce a prendere il controllo del suo corpo e a trascinare Lucifero nella gabbia, portando con sé anche Michele ed evitando la battaglia finale.
